Stavebná amnestia legitimizuje čierne stavby – zvýhodňuje tých, čo porušovali zákon, a znevýhodňuje tých, čo ho dodržiavali. Zároveň zasahuje do ľudských práv aj do ústavných práv obcí rozhodovať o vlastnom územnom plánovaní.

Štát týmto zákonom oslabuje samosprávu a regionálnu demokraciu – odkazuje obciam, že ich vôľa nemusí platiť.