Z hľadiska samotného výkonu funkcie verejného ochrancu práv bola najdôležitejšou zmenou novelizácia z roku 2006, ktorá zmenila aj ústavnú úpravu postavenia verejného ochrancu práv (ústavný zákon č. 92/2006 Z. z.) a následne aj zákon o verejnom ochrancovi práv (zákon č. 122/2006 Z. z.). Odporučenie vypracovať návrh novelizácie právneho postavenia verejného ochrancu práv bol súčasťou polročnej správy, ktorú z vlastnej iniciatívy predložil verejný ochranca práv Výboru Národnej rady Slovenskej republiky pre ľudské práva, národnosti a postavenie žien ešte v roku 2004. Výbor pre ľudské práva, národnosti a postavenie žien sa stal predkladateľom návrhu novely Ústavy Slovenskej republiky a zákona o verejnom ochrancovi práv. Uvedenú iniciatívu výboru je možné jednoznačne považovať za vyvrcholenie veľmi dobrej spolupráce výboru a verejného ochrancu práv pri ochrane práv a slobôd fyzických osôb a právnických osôb v Slovenskej republike.

Pri vypracovaní návrhu novely Ústavy Slovenskej republiky a zákona o verejnom ochrancovi práv sa postupovalo s osobitou odbornou starostlivosťou s hlavným cieľom zabezpečiť účinnejšiu a efektívnejšiu ochranu práv a slobôd fyzických osôb a právnických osôb. Pokladom boli najmä praktická aplikácia právnej úpravy, preskúmavanie podnetov fyzických osôb a právnických osôb, konanie z vlastnej iniciatívy, v neposlednom rade poznatky a závery stretnutí ombudsmanov, osobitne ombudsmanov krajín V4, Medzinárodná charta efektívnosti ombudsmanov, Ústava Európskej únie, medzinárodné zmluvy a dohovory upravujúce ochranu ľudských práv a základných slobôd, ktoré boli podrobené analýze so súčasným rešpektovaním zachovania filozofie platnej právnej úpravy.

Medzi zmeny schválené Národnou radou Slovenskej republiky patrili najmä doplnenie verejného ochrancu medzi osoby oprávnené predložiť Ústavnému súdu návrh na začatie konania v prípade zistenia skutočností nasvedčujúcich tomu, že uplatnenie právnych predpisov môže ohroziť ľudské práva a základné slobody, možnosť verejného ochrancu práv podieľať sa na uplatnení zodpovednosti osôb pôsobiacich v orgánoch verejnej moci, ak tieto osoby porušili základné právo alebo slobodu fyzických osôb a právnických osôb, povinnosť všetkých orgánov verejnej moci poskytnúť verejnému ochrancovi práv potrebnú súčinnosť, lehota 20 dní na plnenie povinnosti orgánov verejnej správy poskytovať verejnému ochrancovi práv informácie vysvetlenia a stanoviská ku skutkových a k právnym otázkam a plniť si ďalšie zákonné povinnosti, nakoľko práve od rýchlosti poskytnutia potrebných podkladov závisí jeden z prioritných cieľov, a to služba pre občana bez zbytočných prieťahov, povinnosť orgánov verejnej správy poskytovať potrebné spisy a doklady, ako aj vysvetlenie k veci aj v prípade, ak osobitný predpis obmedzuje právo nahliadať do spisov len pre vymedzený okruh subjektov, oznamovanie svojho stanoviska v prípade, ak opatrenia prijaté vo veci nadriadeným orgánom alebo vládou Slovenskej republiky považuje za nedostatočné priamo národnej rade alebo ňou poverenému orgánu. Medzi náležitosti podnetu sa doplnilo určenie orgánu verejnej správy, proti ktorému podnet smeruje a v prípade, ak sa netýka osoby, ktorá ho podala, nevyhnutnosť predložiť písomný súhlas dotknutej osoby alebo písomné plnomocenstvo vo veci z dôvodu ochrany a spracúvania osobných údajov. Ďalšie zmeny sa dotýkali najmä procesnej činnosti.

Medzi pôvodne navrhované zmeny, ktoré si Národná rada Slovenskej republiky neosvojila, patrí rozšírenie pôsobnosti verejného ochrancu práv na všetky práva a slobody fyzických osôb a právnických osôb, a tým priblíženie sa k ochrane pred celou „maladministráciou“ (zlou správou) obdobne ako v iných krajinách Európskej únie, právnické vzdelanie ako podmienku zvoliteľnosti verejného ochrancu práv a vrátenie samostatnej kapitoly v štátnom rozpočte, ktoré by bolo možné považovať za potvrdenie ústavou danej nezávislosti verejného ochrancu práv. Prijaté zmeny nadobudli účinnosť dňa 1. apríla 2006. Následne bol zákon o verejnom ochrancovi práv novelizovaný v roku 2009 (zákon č. 400/2009 Z. z.) v časti týkajúcej sa platového poriadku kancelárie.

Aj s ohľadom na prijaté zmeny je možné inštitút verejného ochrancu práv v právnom poriadku Slovenskej republiky charakterizovať ako kontrolný orgán sui generis vo vzťahu k orgánom verejnej správy. Pôsobnosť verejného ochrancu práv je konštituovaná na ochranu subjektívnych práv – základných práv a slobôd a nie ochranu zákonnosti ako takej.

Úrad verejného ochrancu práv doplnil už existujúci systém orgánov ochrany práva. Funkcia verejného ochrancu práv ako sprostredkovateľa medzi občanom a štátom má kontrolnou činnosťou upevňovať ústavnosť a legalitu konania a rozhodovania orgánov i inštitúcií verejnej správy vo vzťahu k fyzickým osobám a právnickým osobám. Verejný ochranca práv neodvodzuje svoju autoritu od štátnej moci, ale od prirodzeného spojenectva s parlamentom a s verejnosťou, s občanmi, ktorí sú autentickým zdrojom moci v spoločnosti. Preto verejný ochranca práv neprikazuje, nemôže rušiť a odvolávať rozhodnutia, ale môže odporúčať opatrenia pre dobro a prospech občana.