Verejná ochrankyňa práv sa dňa 10.2.2021 obrátila na Ústavný súd SR s návrhom na začatie konania o súlade ustanovenia § 12 ods. 2 písm. f) v časti „izolácia v domácom prostredí alebo v zdravotníckom zariadení, prípadne inom určenom zariadení“ a v časti „karanténne opatrenia“, § 48 ods. 4 písm. n) a u), § 51 ods. 1 písm. d) v časti „izolácii a karanténnym opatreniam“, § 4 ods. 1 písm. g), § 48 ods. 4 písm. z) a § 58 ods. 2 zákona č. 355/2007 Z. z. o ochrane, podpore a rozvoji verejného zdravia s Ústavou SR a Dohovorom o ochrane ľudských práv a základných slobôd.
Ústavný súd SR nálezom PL. ÚS 4/2021-136 zo dňa 8.12.2021 v podstatnej časti vyhovel predmetnému návrhu, ktorý sa týka porušovania základných práv a slobôd počas pandémie. Ústavný súd SR vyslovil protiústavnosť štátnej karantény a kompetencie Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky a hygienikov, ktoré im umožňujú prijímať akékoľvek pandemické opatrenia bez jasného vymedzenia. Ústavný súd SR nevyhovel časti návrhu, v ktorom verejná ochrankyňa práv namietala tzv. „faktúry“ za štátnu karanténu.
Štátna karanténa podľa Ústavného súdu SR porušuje právo na osobnú slobodu. V prípade štátnej karantény prišiel Ústavný súd SR k záveru, že z vymedzenia karantény v zákone jasne nevyplýva rozsah možností obmedzenia základných práv. Dochádza aj k neprípustnému zásahu do osobnej slobody. Súd videl hlavné problémy v absencii súdneho prieskumu pozbavenia osobnej slobody štátnou karanténou. Súd ponechal ministerstvu zdravotníctva a hygienikom možnosť nariadiť domácu izoláciu, pretože podľa neho nejde o obmedzenie osobnej slobody.
Ústavný súd SR uviedol, že každé obmedzenie základných práv musí byť dostatočne jasne vymedzené v zákone. V prípade široko koncipovanej právomoci ministerstva, ÚVZ a RÚVZ prijímať akékoľvek opatrenia, táto podmienka nebola splnená. Preto Ústavný súd SR zrušil oprávnenie, ktoré pribudlo novelou zákona v októbri roka 2020.
V časti podania, ktorá sa týkala faktúr za štátnu karanténu, sa Ústavný súd nestotožnil s návrhom verejnej ochrankyne práv.